Какую архитектуру добавлять в debian multiarch для intel haswell?

Что-то толсто

https://ru.wikipedia.org/wiki/X86-64

intel 64

Ну так итаниумы в Джесси и дропнули.

amd64 есть

Вот ее и надо. Архитектуру первой выкатила AMD, потому назвали amd64. Впоследствии Intel сделал аналог, но название общее осталось amd64.

Бинарные дистрибутивы собирают для generic процессоров, чуть ли не под 486 (хотя нет, сейчас это что-то уровня Pentium MMX, но не суть).
Если нужно оптимизировать под haswell и использовать все возможности процессора, собирай gentoo с соответствующими флагами компилятора - -march=core-avx2

-march=native